Stavba představuje jednu z nejstarších raně barokních centrál u nás. Základnu tvoří loď, na níž severně navazovalo polokruhovité kněžiště a symetricky k jihu byl umístěn kůr a hlavní vchod. Východně a západně od presbytáře byly přistavěny dva pětiboké prostory, z nichž jeden sloužil jako sakristie. Vně byl kostel plasticky zdoben dekorativními výstupky ve stěně - pilastry a římsou; v bočních stěnách lodi byla umístěna polokruhová okna. Loď byla překryta cihlovou střechou, na jejímž vrcholu byla situována osmihranná, plechem pokrytá lucerna s opěrkami. Na původ pořizovatele stavby ukazuje šternberská hvězda nad vchodem. Partie průčelí byla na horní hraně zvýrazněna menší štítovou přístavbou s bočními hranolovými věžemi, které byly překryty jehlancovými plechovými helmicemi. Základní výzdobou interiéru tvořily původně tři oltáře. Kostelní zvony byly sňaty a odvezeny za první světové války a nahrazeny novými až roku 1925.

Přilehlý městský hřbitov přestal plnit svoji funkci od r. 1966 a nový hřbitov byl situován mimo město. kromě toho je nedaleko od kostela sv. Michala druhý - židovský hřbitov, zajímavý především výtvarným provedením náhrobků, z nichž některé pocházejí z druhé pol. 17. století.

Starý městský hřbitov

Kdy přesně byl hřbitov severně od městské hradby založen, nevíme, nejpravděpodobněji se tak stalo kolem poloviny 17. století, tedy nedlouho před výstavbou hřbitovního kostela sv. Michala. Příčiny byly zřejmě především praktické - prostor původního hřbitova na náměstí byl nedostačující, stísněný a nebylo možno jej rozšiřovat. Svoji roli ale mohly sehrát i změny v myšlení člověka raného novověku – jiné vnímání prostředí, ve kterém lidé žili, spojené s nastupujícím barokním stylem, uvolňování měst ze sevření hradeb pozbývajících své ochranné funkce či ještě čerstvé zážitky z hrůz třicetileté války.

Nejstarší viditelné hroby se nacházejí při východní stěně kostela sv. Michala a pocházejí z 1. poloviny 19. století. Jsou zde pohřbeni úředníci panské i městské správy i církevní hodnostáři. Na hřbitově se nacházejí hroby významných vědců, učitelů, lékařů, umělců, podnikatelů, legionářů, řemeslníků a dalších osobností života města a okolí. Je zde rovněž pohřbeno několik vojáků Rudé armády z května 1945. Řada náhrobků má nadprůměrnou výtvarnou úroveň, soubor litinových křížů patří k nejuceleněji dochovaným u nás a je zajímavým dokladem kovolijeckého řemesla v 19. století.

Jsou zde pohřbeni například:

• Šatra Josef - učitel a kronikář města
• Krajc Rudolf - grafik a ilustrátor
• Hauptman Eduard - učitel, první náčelník TJ Sokol Bechyně a spoluzakladatel městského muzea
• Chleborad Arnošt - učitel a historik města
• Haškovec Prokop Miroslav - literární historik a překladatel
• Burian Rudolf - učitel a vlastenec
• Fučík Stanislav - truhlářský mistr a legionář 
• Kraus František - stavitel a podnikatel
• Gabriel Josef Ambrož - notář, politik a spisovatel