Základ stavby tvoří pozdně gotické síňové dvoulodí s pětiboce zakončeným presbytářem s opěráky, hranolovou věží na severní straně a s obdélnou patrovou oratoří na jižní straně.

Patrně ze 16. století je zachována klenba kněžiště a obvodové zdivo lodi. Presbytář s lomenými okny byl sklenut síťovou klenbou s profilovanými žebry bez konzol. Vně kněžiště zůstaly zachovány čtyři pilíře, v horních partiích již v barokní úpravě. Na presbytář navazuje polokruhovým vítězným obloukem téměř 21m dlouhá loď s lomenými okny v západní a jižní stěně. Roku 1613 byla zaklenuta na tři střední oblé sloupy, spočívající na hranolových patkách. Klenba lodi byla provedena jako křížová hřebínková bez žeber. Přestavbu v letech 1613-1615 prováděl Jan Schütz z Českých Budějovic. Převážnou část nákladů hradil majitel panství Adam ze Šternberka spolu s hejtmanem Ondřejem Holušickým. Vedle klenby byl v tomto období vybudován v západní části lodi kůr, spočívající na šesti vysokých toskánských sloupech s nepravidelnými půlkruhovými arkádami. Zábradlí kůru tvoří balustráda z kuželek. Na severovýchodním rohu chrámu byla přistavěna věž. Tato hranolovitá stavba byla pětipatrová, v horní části prosvětlená okny a vně plasticky zdobená. Ještě ve 20. století bylo ve věži obydlí hlásného. V přízemí věže byla situována sakristie, sklenutá jednoduchou křížovou hřebínkovou klenbou bez žeber. Z období této přestavby se uchovaly na několika místech chrámu i věže nápisy.

K významné přestavbě kostela došlo v roce 1740, kdy byl nad zdmi presbytáře zvednut směrem do náměstí štít, plasticky zdobený, s ponechaným výklenkem pro sochu sv. Matěje. V letech 1741-1743 byla zvýrazněna celá stavba barokní cibulovou, plechem pobitou helmicí.

Historicky zajímavé vnitřní zařízení kostela pochází převážně ze 16.-18. století. Z roku 1555 je to cínová křtitelnice, zdobená figurálními reliéfy. Na konec 16. století je datován hliněný polévaný reliéf s postavou P. Marie, umístěný v sakristii. Z doby kolem r. 1620-1630 pochází obraz Klanění králů, jehož autorem je patrně Cornelius de Vos (autorství dříve nesprávně připisováno P. Brandlovi). Další zařízení, jako hlavní a boční oltáře, sochy apod., pochází převážně z období kolem r. 1740.

Jižně u kostela stojí budova děkanství. Při jejím požáru v roce 1711 byla spálena a znehodnocena část starých zápisů a matrik. V současné době je tato opravená budova součástí západní fronty náměstí.

Díky svojí vysoké a výrazné věži tvoří děkanský kostel sv. Matěje charakteristickou dominantu města Bechyně.

Věž kostela je v sezóně přístupná veřejnosti. Je zde částečně rekonstruována světnička věžníka. Z ochozu je krásný pohled na město a okolí. 

Rok 2023 - V květnu, červnu a v září ji můžete navštívit každou sobotu od 10 do 17 hodin a neděli od 11 do 17 hodin. 

Z technický důvodu je věž v sobotu 27. 5. 2023 uzavřena. Děkujeme za pochopení.

Každý den můžete na věž o prázdninách - červenec, srpen - pondělí až sobota od 10 do 17 hodin a v neděli od 11 do 17 hodin. 

Mimo tuto dobu lze dohodnout pro větší skupinu individuální návštěvu přímo s provozovatelem - Ing. Miroslav Vad, Bežerovice 18, Sudoměřice u Bechyně, tel.: 725 580 066, e-mail mvad@seznam.cz .