V roce 1896 bylo započato s přípravou projektu železničního spojení Tábor – Bechyně. Původně navrhovaný parní pohon byl zásluhou „českého Edisona“ Františka Křižíka změněn na elektrický, a tak se trať stala první elektrifikovanou železnicí na území Rakouska – Uherska.

Trať původně končila před Bechyní na starém nádraží, po dokončení mostu přes Lužnici v roce 1928 byla prodloužena až do města.